Humanismo y reforma marcaron los destinos de la catedral de València a lo largo del siglo XVI, etapa crucial para la historia diocesana particularmente y la Iglesia universal en general. Elevada hacía poco la sede al rango de metropolitana por el papa Alejandro VI, su cabildo era destino privilegiado para los segundones de ilustres linajes de la mediana y baja nobleza autóctona y las oligarquías ciudadanas, perpetuadas a través de redes clientelares y patronazgo. Ello explicaría la implicación del clero catedralicio en las bandositats que aglutinaron a la sociedad valenciana durante parte de la centuria, en que el capítulo catedralicio funcionó de manera prácticamente autónoma gracias a la fortaleza de la que seguían haciendo alarde estas corporaciones. A buen seguro influyeron también en el panorama descrito la incuria y el absentismo episcopal de la familia Borja y miembros de la Casa Real, que caracterizaron las décadas previas al pontificado de santo Tomás de Villanueva, primero de una serie de obispos reformistas que desde mediados del Quinientos encontrarían entre estos muros su principal oposición a las políticas centralizadoras.
No menos complicadas se demostraron las relaciones capitulares con otros actores, ya religiosos como parroquias y órdenes regulares, ya civiles, especialmente el Municipio, la Audiencia o los virreyes: sin olvidar tampoco a la recién establecida Inquisición. Conflictos de poder todos donde el cabildo se jugaba el mantenimiento de su estatus privilegiado en los tiempos modernos. En tal afán, dignidades y canónigos se decantarían mayoritariamente por la corona durante la peor crisis política del momento que fue la Germanía. Muchos de ellos fueron premiados por la monarquía en pago a éstos y otros servicios. Los habría, incluso, que pasaran a formar parte del renovado episcopado hispánico, cuyas bases puestas por los Reyes Católicos se encargaron de implementar Carlos I y Felipe II.
Del mismo modo, la catedral de València participó del marco de libertad intelectual que, en el primer tercio del siglo, posibilitaría el desarrollo de la ciencia y la cultura locales, con la popularización de la imprenta y la ayuda de la Universidad, creada en 1499 con notable presencia en su claustro de ilustres prebendados, antes de la erección de las
cátedras pavordías que vincularían en lo sucesivo a ambas instituciones. En este contexto, pues, el humanismo tuvo su repercusión en el templo metropolitano. Al menos hasta que el miedo al protestantismo trajera consigo una férrea ortodoxia que debilitaría el desarrollo de las ideas durante el resto de la centuria, reduciendo la labor intelectual a los esfuerzos personales de algunos capitulares. Entretanto, iría abriéndose paso la reforma auspiciada por Trento en relación al clero. Aunque también en la transmisión del mensaje cristiano a los fieles a través del culto, la liturgia o la predicación.
A esta evolución acompañaría el desarrollo de un espacio catedralicio acorde a los nuevos tiempos y en constante adaptación a las diferentes sensibilidades artísticas sucedidas a lo largo de los mismos.
